幽门螺旋杆菌感染诊断有许多方法，如活组织镜检、幽门螺旋杆菌的分离培养、快速尿素酶试验、尿素呼气试验、尿氨排出试验、血清学试验以及多聚酶链反应等。不同医院采用的方法不同，但大多数医院采用的方法都是特异、快速的，有些是无创伤的。专家们告诫患者，如感觉胃部不适，应到大医院去作幽门螺旋杆菌感染检查，以便及早用药，及早从消化道清除幽门螺旋杆菌，以防止发展成严重的胃部疾病。
　　目前检测幽门菌（HP）的方法可归纳为两大类。  

　　（1）非侵入性的方法：以免疫学法清中的HP抗体。已有多种方法检测，但公认以酶联免疫吸附试验和免疫印迹试验为优，优点是特异高，可接近100％，且能进行定量分析，缺点是不能鉴别既往感染及现疫病人，主要适用于流行病学调查。尿素呼气试验。原理是HP在体内产生尿素酶，用13C或14C标记的尿素由受试者服下后，即分解产生带同位素标记的二氧化碳，收集呼气标本，用液体闪烁计数器或用气体核素质谱仪检测标记的二氧化碳，灵敏度极高，可定量，患者无痉，方法简单快速，对检测HP是否根治十分可靠。因14C有少量放射性物质，目前均用13C尿素呼气试验。  

　　（2）侵入性的方法：即需通过内镜采取胃粘膜组织来检测HP。快速尿素酶法。原理是HP具有丰富的尿素酶，分解尿素产生氨，使反应变成碱性，由PH指示剂显色，该法简便，快速，灵敏，但有些细菌亦会有尿素酶，因此有假阳性可能。细菌培养法。取胃粘膜活组织作HP培养，该法准确可靠，但培养费时。病理学检测法。胃粘膜组织切片染色检查，以银染色法最佳，检测率高，结果可靠。一般对确诊HP，须两种或两种以上的方法均为阳性。治疗后长期随访，连续两次尿素呼气试验阴性，加上血清内抗HP抗体滴度进行性下降持续1年以上，作为治愈HP的“金标准”。